某日，双叶幼稚园的孩子们正在船屋里兴奋的顽耍，一名名叫美色（三石琴乃 配音）的神秘人物突然现身，紧接着，一艘庞大的飞船将船屋全部抓了起来，来不及逃跑的风间（真柴摩利 配音）和小新（矢岛晶子 配音）等人和飞船一路消逝在了空中。 　　小新的掉踪令美伢（楢桥美纪 配音）和广志（藤原启治 配音）感应十分焦心，就在此时，一位代号肌肉（玄田哲章 配音）的男人呈现在了两人的身旁，很明显，肌肉知道小新的着落和整件工作的前因后果，但肌肉其实不愿意带着美伢和广志往寻觅小新。追寻着细微的线索，美伢和广志得知小新身在喷鼻港，两人前去喷鼻港，在那边又碰见了肌肉，一行人前去神秘组织“猪蹄组”的老巢。观影现场，不乏看到带着孩子前来观影的父母，谈及对影片的看法时，有家长表示：电影中小狗和小女孩的关系，能让正在塑造自我思考能力时期的孩子看到积极的人生态度表率，家长们一致认为，在寒假期间，前来观看《小狗奶瓶》能够让孩子以轻松的方式收获书本之外的人生道理。